ポイントの追加申請後、「反映待ち」の間もポイントは増減しますか？

いいえ。「反映待ち」の間は、追加申請したポイントはまだ運用中ポイントに反映されていません。
反映が完了した後、選択したコースの値動きに応じて運用中ポイントが増減します。