コース変更申請をすると、変更前と同じポイント数のまま移りますか？

必ずしも同じポイント数になるとは限りません。
コース変更申請が反映されるまでの値動きや端数処理などにより、変更後のポイント数が申請時の表示と異なる場合があります。