コース変更申請をすると、それまでの運用益はどうなりますか？

コース変更前までの運用結果がなくなることはありません。
それまでの増減を反映したポイントが変更先のコースへ移ります。変更後は新しいコースで運用益が計算されるため、コース変更の前後で「運用益」の表示が変わる場合があります。