コース変更申請をしてから反映されるまで、どちらのコースの値動きが適用されますか？

コース変更申請をした時点ですぐに変更先コースへ切り替わるわけではありません。
変更が反映されるまでは変更前のコースとして扱われ、反映後は変更先コースの値動きが反映されます。